Medikamente werden benötigt, um Störungen der Eizellreifung zu behandeln oder um Abläufe vor und beim Eisprung zu verbessern. Man verwendet entweder Tabletten oder bei ungenügendem Ansprechen Spritzen. Es handelt sich hier um niedrig dosierte Hormonspritzen. Nach Verabreichung von Medikamenten ist immer eine Kontrolle mittels Ultraschall notwendig. Diese sollte ausnahmslos gemacht werden, da nach einer Hormonbehandlung ein Mehrlingsrisiko besteht. Die meisten Substanzen sind schon seit vielen Jahren in Gebrauch und gut untersucht. Sie werden gut vertragen und es gibt sehr wenig Nebenwirkungen. Selten kommt es zu Zystenbildungen.
Die Reaktion der Eierstöcke auf die Medikamente ist nicht planbar und auch nicht genau voraussehbar. Es sind deshalb engmaschige Ultraschallkontrollen alle paar Tage notwendig. Die Gefahr, dass mehrere Follikel heranreifen können, ist das Hauptproblem.
Eine Über- oder Unterfunktion der Schilddrüse wird gezielt therapiert, ebenso ein zu hoher Prolactinspiegel.
Metformin, ein Medikament, das bei Diabetikern den Blutzucker senkt, kann bei Frauen mit PCO-Syndrom die Eireifung unterstützen. Zusätzlich zur Metformineinnahme muss jedoch in der Regel eine weitere Behandlung durchgeführt werden.