Als Grund für eine eingeschränkte Samenqualität liegt in der Mehrheit der Fälle eine Produktionsstörung der Spermien im Hoden vor, seltener sind Blockaden der Samenwege, genetische oder hormonelle Faktoren.
In 60 – 75 % kann mit den gängigen Untersuchungsmethoden keine Ursache für die männliche Fruchtbarkeitsstörung gefunden werden. Man spricht von der idiopathischen Subfertilität. Eine mögliche Rolle spielen chronischer Stress, Umweltfaktoren sowie die Lebensweise (Nikotin, Alkohol).